Em 21 de novembro, a Polícia Federal (PF) indiciou Bolsonaro e outras 36 pessoas por uma trama golpista que inclui os atos de 8 de Janeiro e que teria como objetivo remover do poder o presidente Lula, eleito em 2022. Em 11 de dezembro, outros três militares foram indiciados, elevando o total de envolvidos para 40.
Segundo a investigação, a preparação teve início ao longo do mandato do então presidente, com ataques constantes ao sistema eleitoral brasileiro, disseminação de notícias falsas e questionamentos sobre decisões da Justiça, sobretudo do STF e críticas aos ministros da Corte, em especial Alexandre de Moraes e Luís Roberto Barroso.
Foi na noite de 30 de outubro de 2022, às 19h57min, quando o Tribunal Superior Eleitoral (TSE) declarou matematicamente a vitória de Lula, que a articulação para que o petista não assumisse ganhou força. Recluso no Alvorada, Bolsonaro demorou para se manifestar sobre o resultado.
Ao longo de semanas, ele recebeu integrantes das Forças Armadas, seu então candidato a vice na chapa, general Braga Netto, e outros apoiadores de confiança para planejar um golpe.
Conforme PF, a trama consistia em executar o presidente eleito, seu vice e o então presidente do TSE, Alexandre de Moraes, impedindo, assim, a posse do novo governo, criando um cenário de caos no país e instalando um gabinete de crise, que seria comandado pelos generais Braga Netto e Augusto Heleno, ex-ministro do GSI do governo Bolsonaro.
Ao longo de dois anos, a PF vasculhou celulares, computadores, colheu depoimentos e cruzou centenas de informações até tecer toda a estrutura golpista, com seus personagens e funções. No dia 21 de novembro de 2024, Bolsonaro e mais 35 pessoas foram indiciadas por articular um golpe.
Cinco dias depois, Alexandre de Moraes, relator do caso, retirou o sigilo da investigação e enviou o inquérito para a PGR.
Peça fundamental na tentativa de golpe, conforme a PF, o general Braga Netto foi preso em dezembro no Rio de Janeiro.
No dia 18 de fevereiro de 2025, a PGR, após leitura exaustiva do material da Polícia Federal, denunciou o ex-presidente Jair Bolsonaro no inquérito que apura tentativa de golpe de Estado.
Na manhã seguinte, o ministro do Supremo Tribunal Federal Alexandre de Moraes derrubou o sigilo da delação premiada do tenente-coronel do Exército Mauro Cid, ex-ajudante de ordens do ex-presidente Jair Bolsonaro (PL).